从一开始就很明显，欧洲逮捕令 (EAW)将成为各国法院以及卢森堡欧洲联盟法院 (CJEU) 众多解释争议的焦点。以简化的司法机关间移交系统取代引渡这一既定目标，以及一再重申的目标，必然会带来后果——尤其是在基本权利保护方面，正如梅洛尼案的判决所充分表明的那样。然而，法院将利用欧洲逮捕令框架决定 (FD) 开展司法协调程序，将欧洲逮捕令机制的关键词（剥夺自由、居住）限定为欧盟法律的独立概念，从而减少国家自由裁量权的空间，这一点并不完全可以预料。更难以预料的是，这一程序将涉及欧洲逮捕令最具创新性但争议最少的特征之一：从行政部门到司法部门作为负责合作的机构行为者的转变。
众所周知，《欧洲司法观察》是合作新时代的旗舰，该合作始于1999年的坦佩 贝宁电报号码数据 雷理事会。互认机制在会上被采纳，成为未来司法合作的基石。成员国“A”（发布国）发布并发往成员国“B”（执行国）的裁决，除非存在拒绝理由，否则成员国“B”应承认并执行该裁决，无需进一步手续。司法合作的自动化基于互信原则，即成员国除特殊情况外，均应遵守基本权利，这一可反驳的推定。因此，该体系显然以信任、执行和移交为准则，例外情况非常有限为运作基础。
多年来，随着欧盟法院判例法的贡献，出现了三个主要的例外领域。首先，《欧洲强制令》第 3 条和第 4 条列举了拒绝执行的强制性和可选性理由。其次，法院在 Căldăraru和LM案中首次裁定，当签发国存在侵犯基本权利的风险时，不得执行欧洲强制令。前一个案件设定了检验标准，涉及因拘留条件恶劣而可能违反绝对禁止不人道和有辱人格的待遇的规定；在LM 案中，法院发展了该检验标准并将其应用于公平审判权。围绕波兰签发给爱尔兰的欧洲强制令，法院指出，获得独立法庭审判的权利是公平审判权的本质组成部分，是法治的基石，因此也是《欧洲联盟条约》第 2 条规定的欧盟价值观的基石。如果有证据表明 (1) 签发国在该权利方面存在系统性缺陷，以及 (2) 这些缺陷可能会影响相关人员的具体案件，则执行法官必须避免执行欧洲逮捕令。第三，如果欧洲逮捕令无效，例如，在没有国家逮捕令的情况下签发，则不得执行。