1939年9月3日，英国对德宣战。丘吉尔被任命为海军大臣。他通过无线电向皇家海军所有部队通报：“温斯顿回来了。” 然而，丘吉尔被任命为海军大臣的消息并没有引起多少欢欣，尤其是丘吉尔表现得好像自己也被任命为陆军大臣一样。他还开始向其他军种发布命令。
他上任后的第一个命令是指挥皇家空军空袭德国海军港口威廉港和布伦斯比特尔。29架“布伦海姆”和“惠灵顿”轰炸机出动，其中10架偏离目标返航。其中一架轰炸了距离目标约170公里的丹麦小镇埃斯比约。另有三架飞机袭击了北海的友军舰艇，其中七架被高射炮击落。只有八架轰炸机命中目标，并用三枚未引爆的炸弹袭击了战列舰舍尔号，未对该舰造成任何损伤。巡洋舰埃姆登号遭到数次命中。唯一真正的损伤来自一架轰炸机撞上了巡洋舰。在接下来的两年里，英国皇家空军的轰炸精度仅略有提高。
丘吉尔对战争规则和人类生活的态度
当英国向德国宣战时，单纯从地理角度来看，，而且两国也从 电报数据 未打算这样做，这一点后来的事实证明了。希特勒坚持不轰炸开放城市和平民，并严格遵守《日内瓦战争规则》。德国不愿犯下任何残酷罪行，无论其形式如何。但对丘吉尔来说，简单的礼仪规则如同人命一般微不足道。
为了将美国拖入战争，他利用了罗斯福的警告：美国会将轰炸平民视为不友好行为。因此，他不遗余力地引诱德国人进攻英国城市。出于同样的原因，他不允许任何英国城市被视为“不设防的城市”。恰恰相反！他在充满激情的演讲中呼吁所有城市，尤其是伦敦，成为堡垒，所有英国人都应该“在海岸、城市和旷野上战斗！”为此，媒体不断向民众炮制德国暴行的指控，尤其是针对犹太人的暴行。英国情报部门早在1940年8月就开始了这种暴行宣传。实际上，正是皇家海军在丘吉尔的指示下，犯下了相当一部分暴行。
1940年9月14日，一艘英国皇家海军驱逐舰迫使U-39潜艇浮出水面，俘虏了所有船员，随后击沉了这艘德国潜艇。所有媒体都报道了此事，幸存者也出现在新闻短片中。但之后再也没有人见过这些水兵。他们被屠